L’odyssée d’« Homo sapiens », cet « animal curieux » qui migre depuis 300 000 ans : conversation avec Evelyne Heyer

Evelyne Heyer est professeure d’anthropologie génétique au Muséum national d’histoire naturelle (MNHN) où elle mène des recherches sur l’évolution génétique et la diversité de notre espèce. Elle est l’autrice d’ouvrages de vulgarisation comme la Vie secrète des gènes et l’Odyssée des gènes chez Flammarion.

La chercheuse a reçu Benoît Tonson au Musée de l’homme (Paris) pour retracer l’histoire d’Homo sapiens, depuis son émergence en Afrique jusqu’à nos jours, en passant par toutes ses migrations et ses rencontres avec les autres espèces humaines aujourd’hui éteintes. À côté de ses activités scientifiques, Evelyne Heyer est très impliquée dans la lutte contre le racisme. Cet entretien a également été l'occasion de comprendre comment la génétique peut nous aider à déconstruire les préjugés et les stéréotypes.

The Conversation : Nous sommes aujourd’hui au Musée de l’homme, dans l’exposition « Migrations, une odyssée humaine », et sur l’un des premiers panneaux, on apprend qu’« en lisant l’ADN des populations humaines actuelles, les généticiens parviennent à reconstruire l’histoire des origines, des migrations et des métissages de notre espèce. On découvre que nous avons tous des ancêtres migrants et que tous les humains actuels ont une origine commune en Afrique. » Pouvez-vous retracer, dans les grandes lignes, l’histoire de l’origine d’Homo sapiens, de son départ d’Afrique à son arrivée en Europe ?

Evelyne Heyer : Notre histoire de Sapiens débute il y a environ 300 000 ans en Afrique, on n’émerge pas à un seul endroit d’Afrique, mais plutôt à différents endroits. On évolue sur le continent africain et, il y a environ 70 000 ans, notre espèce va partir peupler le reste de la planète. Et on va commencer par aller jusqu’en Australie.

On reste donc dans une zone tropicale et, plus tardivement, on va arriver un peu plus au nord, notamment en Europe, il y a environ 45 000 ou 40 000 ans. Nous avons d’abord évolué en Afrique dans un endroit au climat chaud et avec beaucoup d’ensoleillement. On a donc une couleur de peau foncée. Au moment de l’émergence de notre espèce, nous sommes un animal tropical de couleur de peau foncée qui va se déplacer vers l’Europe. L’éclaircissement de la couleur de la peau viendra beaucoup plus tardivement.

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Vous étudiez la génétique de ces premiers humains, comment peut-on lire leur ADN et quelles informations y retrouve-t-on ? Vous parlez de couleur de peau, par exemple…

E. H. : Ce qui est génial et qui a révolutionné en partie notre discipline, c’est ce qu’on appelle la « paléogénétique ». C’est la capacité d’arriver à extraire de l’ADN de restes osseux ou de dents de personnes qui ont disparu. Un des plus grands scoops de notre domaine a été l’analyse de l’ADN de l’homme de Néandertal, qui a disparu il y a environ 30 000 ans. Découverte qui a valu le prix Nobel de médecine, en 2022, à Svante Pääbo.

Au-delà de cet homme de Néandertal, on peut lire l’ADN d’un individu d’il y a 20 000, 10 000 ou 6 000 ans, par exemple. Et dans ce patrimoine génétique, il y a des variations de l’ADN qui codent des différences de couleur de peau. On connaît les petits changements d’ADN qui font qu’on va avoir plutôt une couleur de peau sombre ou une couleur de peau claire. Et donc, en retraçant dans l’ADN des individus du passé, on voit que les premiers Européens, il y a 40 000 ans, il y a 30 000 ans, il y a 20 000 ans, et même il y a 10 000 ans, étaient de couleur de peau foncée. Ceux qui ont peint les grottes de Lascaux étaient noirs de couleur de peau.

On observe un éclaircissement relativement récent : il y a environ 10 000 ans seulement, quand les agriculteurs venus du Moyen-Orient arrivent en Europe. Eux sont plus clairs de couleur de peau. Ils vont se mélanger avec les premiers Européens qui sont de couleur de peau foncée. Au contact de ces populations, on va également changer d’alimentation. Or, l’alimentation, c’est fondamentalement en lien avec la couleur de peau. Quand vous n’avez pas beaucoup de vitamine D dans l’alimentation, il vaut mieux avoir une couleur de peau claire pour mieux l’assimiler. Quand vous avez beaucoup de vitamine D dans l’alimentation, vous n’avez pas besoin d’avoir une couleur de peau claire. Les premiers Européens avaient une alimentation riche en vitamine D, ils sont donc restés de couleur de peau foncée. L’apparition de la couleur de peau plus claire est donc due en partie au mélange avec les agriculteurs du Moyen-Orient, mais surtout à ce changement d’alimentation.

Une alimentation pauvre ou riche en vitamine D, qu’est-ce que cela signifie concrètement ?

E. H. : Il y a environ 10 000 ans, ces humains se mettent à consommer beaucoup plus de céréales, des aliments pauvres en vitamine D, et aussi des animaux d’élevage, alors qu’avant ils consommaient surtout des animaux issus de la chasse. On pense que ces animaux étaient beaucoup plus riches en vitamine D.

En appauvrissant le régime alimentaire en vitamine D, on voit dans le génome une sélection pour une couleur de peau plus claire qui commence à se mettre en place et qui évolue assez rapidement étant donné que les Européens deviennent de couleur de peau blanche. Il se passe à peu près la même chose en Asie.

Vous dites « rapidement », c’est-à-dire ?

E.H. : Rapidement, c’est quelques milliers d’années. Il faut replacer ça dans un contexte historique global. Je rappelle que la séparation entre ce qui va devenir la lignée humaine et celle qui va devenir le chimpanzé s’est produite il y a environ 7 millions d’années. Donc là, cette sélection sur la couleur de peau qui se fait en 5 000 à 6 000 ans, c’est très rapide à l’échelle de l’évolution.

Le temps de génération en moyenne chez l’humain est de 30 ans qui est l’âge moyen des parents à la naissance d’un enfant, et 6 000 ans, ça fait à peu près 200 générations. C’est donc assez rapide. Les adaptations à l’alimentation et à l’ensoleillement font partie des choses qui bougent le plus vite dans le génome.

Ce qui a été également très rapide, c’est l’amélioration des techniques d’étude de l’ADN. Vous avez soutenu votre thèse au début des années 1990, quels ont été les grands jalons que vous avez pu voir dans votre carrière et qui vous ont faits, vous et la communauté scientifique, progresser dans l’analyse des génomes ?

E. H. : Il y a eu plusieurs énormes jalons. D’abord, le séquençage du génome humain dans les années 2000. Grâce à cela, pour chaque individu, on a beaucoup plus d’informations. Avant, on avait plutôt ce qu’on appelle des marqueurs classiques comme les groupes sanguins, par exemple. Avec l’arrivée du séquençage du génome, on va avoir beaucoup d’informations sur chaque individu.

Imaginons que l’on découpe un génome en morceaux. Chaque partie nous renseigne sur un ancêtre. On a reçu notre ADN de plein d’ancêtres différents et donc il faut voir ça comme une mosaïque. On peut comparer les génomes des individus. En faisant ce travail, on peut savoir si les gens ont des ancêtres communs, de quand ils datent et s’il y a eu des migrations. Et on a pu aussi travailler sur tout ce qui fait le lien entre ce que l’on appelle les systèmes sociaux, les systèmes de parenté et la diversité génétique qui joue à des niveaux fins pour lesquels il fallait beaucoup de données, donc plus de données par individu.

Pour faire des comparaisons fines sur des génomes qui comptent des milliards de bases, il est nécessaire d’avoir de puissants outils de calcul. Les récents développements informatiques nous ont également beaucoup aidés dans nos travaux.

Le dernier grand jalon a été la paléogénétique, qui, en plus d’analyser l’ADN des individus actuels, nous a permis d’avoir accès à l’ADN de populations ou d’individus qui ont disparu.

Justement, racontez-nous l’histoire de la paléogénétique…

E. H. : On peut commencer l’histoire en 2010 quand on a pu étudier l’ADN de Néandertal. Les scientifiques peuvent dater les Néandertaliens analysés entre 40 000 et 50 000 ans. Par ailleurs, on est arrivé à extraire de l’ADN d’un reste humain en Espagne sur un site qui s’appelle Sima de los Huesos, qui date de 400 000 ans. C’est vertigineux !

On a du mal à remonter plus loin parce qu’il faut savoir que l’ADN, au fil du temps, dans un squelette ou dans une dent, se dégrade : il se casse en petits morceaux, il s’abîme et cela devient de plus en plus difficile de le retrouver, notamment dans les pays chauds où il se dégrade beaucoup plus vite. Dans ces pays, non seulement les fossiles se dégradent plus vite, mais leur ADN aussi. Il y a donc toute une partie du monde, fondamentale pour l’évolution des humains, à savoir l’Afrique centrale, pour laquelle on a très peu d’informations sur les populations du passé.

Donc, malgré tous les progrès qu’on pourra faire dans votre discipline, on n’aura jamais ces informations ?

E. H. : On ne peut pas l’affirmer parce qu’il y a des nouvelles techniques qui se développent, notamment celle de l’ADN sédimentaire. Des chercheurs ont montré que des molécules d’ADN peuvent être enfermées dans de l’argile. C’est une autre manière de conserver de l’ADN. Vous n’avez pas le reste fossile, mais si la personne a été à un endroit et a laissé de son ADN, il peut y en avoir qui est protégé dans de l’argile. Ce matériel génétique pourrait être conservé et pourrait peut-être être lu. Mais ça, c’est de la recherche en cours.

On s’est projetés dans l’avenir, mais replongeons-nous dans le passé, que savons-nous des grandes migrations dont nous parlions au début de l’entretien ? Les humains parcourent-ils de très grandes distances d’un coup ou les migrations se font-elles petit à petit et sur plusieurs générations ?

E. H. : Ce que l’on retrouve essentiellement dans les données génétiques, c’est plutôt des migrations petit à petit, c’est-à-dire qu’il faut environ 10 000 ou 20 000 ans, par exemple, pour aller de l’Afrique jusqu’en Australie. Ce n’est pas un Africain qui est parti avec son sac à dos jusqu’en Australie, mais cela se serait plutôt fait par petits bouts, de dix kilomètres en dix kilomètres, des gens s’installent à un endroit, une population grandit et un petit groupe issu de cette population va coloniser un peu plus loin, grandit, s’installe et, après, va coloniser un peu plus loin. Donc, c’est surtout des migrations que l’on qualifie « de proche en proche », tout au long du début de ce peuplement de la planète.

Est-ce qu’on sait ce qui pousse ces premiers humains à migrer ?

E. H. : On n’a pas vraiment de raisons écologiques ou de raisons liées à des conflits. On était très peu nombreux sur la planète à ce moment-là. Ça se compte en dizaines de millions d’humains sur l’ensemble de la planète. Par conséquent, je pense que c’est plutôt lié à la curiosité. On est un animal curieux et on a envie d’aller voir ce qu’il y a de l’autre côté de la colline. On se distingue en cela de nos plus proches cousins. Par exemple les chimpanzés, eux, sont toujours restés en Afrique et n’ont jamais bougé finalement de l’endroit où ils ont émergé.

Et cette curiosité aboutit finalement à des migrations extraordinaires qui finissent par la colonisation de toute la planète et des rencontres avec d’autres espèces humaines…

E. H. : Quand on sort d’Afrique, il y a environ 70 000 ans pour aller vers le Moyen-Orient, on rencontre une espèce qui est issue de sorties d’Afrique plus anciennes qui s’appelle l’homme de Néandertal qui, malheureusement, est maintenant disparu. On sait qu’il y a eu des croisements féconds avec eux parce qu’on a, dans notre ADN, des petits bouts d’ADN de Néandertal.

Ensuite, les humains continuent pour aller jusque vers l’Australie et quand ils vont à l’est de l’Eurasie, ils rencontrent une autre espèce qu’on appelle l’homme de Denisova. À nouveau, il y a des croisements fertiles, ce qui fait que les gens d’aujourd’hui à l’est de l’Himalaya ont dans leur génome de l’ADN de Denisova.

Si vous regardez, par exemple, l’ADN de quelqu’un de Papouasie Nouvelle-Guinée (à l’est de l’Himalaya). Il va y avoir de l’ADN de sapiens, de Néandertal et de Denisova. Donc, on voit bien que dans le passé, il y a toujours eu des mélanges à chaque fois qu’on a pu rencontrer d’autres espèces de la lignée humaine.

Du point de vue de l’évolution, quel est l’intérêt de se croiser avec d’autres espèces ?

E. H. : L’intérêt des croisements avec ces autres espèces, c’est en quelque sorte d’accélérer l’évolution. Le plus bel exemple, ce sont les populations du Tibet de notre espèce actuelle qui sont adaptées à l’altitude grâce à des variations dans certains gènes. On s’est rendu compte que ces gènes qui leur permettent d’être adaptés à l’altitude, ils les ont reçus des hommes de Denisova par croisement. Il n’y a pas eu à attendre de s’adapter pendant des dizaines de milliers d’années à l’altitude. Par le croisement avec une espèce qui était déjà adaptée à l’altitude, ils ont récupéré des bouts de génome qui leur ont permis à leur tour d’être adaptés à l’altitude. Donc les croisements, les mélanges, ce sont des accélérateurs d’adaptation et d’évolution.

Il y a un mot que vous avez beaucoup utilisé et qu’il faudrait qu’on définisse, c’est le mot d’« espèce ». Comment arrive-t-on à définir une espèce humaine, sachant que, généralement, on dit que deux espèces sont différentes parce qu’elles ne se croisent plus ? Et pourtant, vous parlez de croisements…

E. H. : Il faut bien comprendre que le fait d’aboutir à une nouvelle espèce, ce qu’on appelle la « spéciation », c’est quelque chose qui prend du temps. Par exemple, quand notre lignée se sépare de celle qui va donner le chimpanzé, nous sommes il y a environ 7 millions d’années. On voit dans l’ADN qu’il y a eu encore des mélanges pendant au moins un million d’années, jusqu’à ce que les différences deviennent trop grandes entre les deux espèces pour qu’elles ne puissent plus se croiser.

Ce qui se passe entre notre espèce, Homo sapiens, et l’homme de Néandertal, c’est la même chose, notre ancêtre commun date d’il y a environ 600 000 ans. Un phénomène de spéciation se met alors en place, mais pendant un certain temps ces deux espèces en devenir peuvent se croiser.

Peut-être que 100 000 ans plus tard, ça n’aurait plus fonctionné parce qu’on voit bien que, déjà, les deux espèces avaient des morphologies différentes et étaient vraiment différentes. La spéciation, c’est quelque chose qui prend toujours du temps.

Pour conclure, je vous propose de sortir un peu de vos recherches. Vous êtes particulièrement impliquée dans la lutte contre le racisme. Vous avez d’ailleurs écrit des ouvrages à ce sujet. Historiquement, la science n’a pas toujours été dans ce chemin de pensée et a même légitimé la pensée raciste. C’était le cas de Linné, par exemple, quand il classait les humains en « variétés ». Quel regard portez-vous aujourd’hui sur les travaux de vos prédécesseurs ?

E. H. : Quand Linné commence à classer les humains, on est environ en 1753. On est dans ce XVIII^e siècle où on commence à classer un peu tout. Toute la nature. Et donc, inévitablement, face à la diversité des humains, les scientifiques vont se mettre à classer les individus en fonction de leur apparence, ce qu’ils vont appeler « variété » ou « race ». Jusque-là, je dirais que c’est du travail scientifique neutre. Le problème, et c’est de là que démarre le racisme, c’est d’abord qu’à partir de ces catégories ils instaurent une hiérarchie. Ils considèrent qu’il y a des groupes qui sont mieux que d’autres. Les « Blancs » dans ce cas-là, donc, « les Blancs sont supérieurs » aux autres groupes qu’on va appeler « les Jaunes », « les Noirs », « les Rouges », etc. Ensuite, ils commettent aussi un autre péché, si je puis dire, c’est celui de l’essentialisation. C’est-à-dire qu’ils considèrent qu’en fonction de la couleur de peau d’un individu, on sait tout de ses comportements et de sa philosophie. Ils vont dire « les Jaunes sont avares et fourbes », « les Noirs sont indolents », « les Blancs sont très intelligents », etc.

On était beaucoup dans l’essentialisation à cette époque-là. Et la génétique permet de réfuter formellement cela.

D’abord, il y a trop peu de différences entre les groupes humains pour que l’on puisse parler de races. Ensuite, il n’y a pas de hiérarchie. Il n’y a pas un groupe qui est mieux qu’un autre. En tous les cas d’un point de vue génétique. La génétique permet de dire que les variations génétiques qui codent pour une couleur de peau ne codent que pour une couleur de peau. Elles n’expliquent en aucun cas des différences de comportement ou de philosophie, par exemple. La génétique démontre clairement que l’essentialisation ne tient pas et c’est en cela que c’est un outil important pour la lutte contre le racisme.

Et c’est pour ça qu’on avait fait l’exposition, au Musée de l’homme, « Nous et les autres. Des préjugés au racisme », pour bien expliquer ce que la science pouvait dire sur ces questions-là.

Et quel est le pourcentage d’ADN que l’on a tous en commun ? Par exemple, vous parliez tout à l’heure de quelqu’un qui est né en Papouasie-Nouvelle-Guinée, quelle partie de l’ADN est-ce que je partage avec lui, moi qui suis né en Haute-Loire ?

E. H. : Ce qu’a amené la génétique, c’est que, si je compare en moyenne deux individus sur la planète, ils seront identiques génétiquement à 99,9 %. C’est une valeur très élevée par rapport à d’autres espèces de mammifères. On est une espèce étonnamment peu diverse d’un point de vue génétique. Mais ce qu’il y a d’intéressant sur les questions liées au racisme, c’est que si je compare génétiquement deux individus de la Haute-Loire, je vais trouver 99,9 % de différences. Et si je compare les ADN de quelqu’un de Haute-Loire et de quelqu’un de Papouasie Nouvelle-Guinée, je vais trouver à peu près la même valeur de 99,9 %. Ce n’est pas beaucoup plus différent que quand je compare les ADN de deux personnes de Haute-Loire.

Et parmi cette petite différence de 0,1 %, il n’y a que 5 % environ qui s’expliquent par l’éloignement géographique. Autrement dit, il y a très peu de différences génétiques entre les différents groupes humains.

Le Musée de l’homme (place du Trocadéro à Paris) présente, jusqu’au 8 juin 2025, une exposition originale « Migrations, une odyssée humaine » qui souligne que les migrations, loin d’être un phénomène nouveau, façonnent l’humanité.

Evelyne Heyer ne travaille pas, ne conseille pas, ne possède pas de parts, ne reçoit pas de fonds d'une organisation qui pourrait tirer profit de cet article, et n'a déclaré aucune autre affiliation que son organisme de recherche.